北京市紀委監委組織機構包括：內設職能部門、所屬事業單位和派駐（出）紀檢監察機構。
內設職能部門：辦公廳、組織部、宣傳部、研究室、法規室、黨風政風監督室、信訪室、案件監督管理室、第一監督檢查室至第八監督檢查室、第九審查調查室至第十七審查調查室、案件審理室、紀檢監察干部監督室、信息技術保障室、機關黨委。
所屬事業單位：紀檢監察技術中心、蟒山留置保障中心、磁各莊留置保障中心。
另外，設有北京市紀委監委派駐（出）紀檢監察機構。
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